Les sites de Khnifiss et de M'diq ont été étudiés dans une approche pluridisciplinaire entre juin 1997 et mars 2003. En atlantique sud, la lagune de khnifiss est un site mesotidal gérée essentiellement par la marée. L'étude hydrodynamique a montré le caractère alternatif et bidirectionnel de la circulation des eaux à l'intérieur de cette lagune. La zonation établie en fonction de la capacité trophique et les paramètres hydrologiques montre que la lagune de Khnifiss est propice à la conchyliculture; Néanmoins, l'installation de tout projet aquacole dans cette lagune classé site Ramsar, doit tenir compte de son équilibre écologique. La baie de M'diq, s'ouvre sur les eaux méditerranéennes du large, les forts échanges avec l'océan atlantique au Nord et la particularité du climat méditerranéen (pluviométrie, tempête, vents...) sont autant de facteurs déterminants dans son mode de fonctionnement et la réussite d'un élevage dans le site. La variabilité des paramètres hydrologiques et la faible richesse du milieu en nutriments et en chlorophylle-a reflètent l'état trophique de ce site.