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La micologia alimentare è la branca della micologia che si occupa dello studio dei funghi negli alimenti. In micologia alimentare studiamo principalmente Funghi, Lieviti e Muffe. Il deterioramento degli alimenti e dei prodotti agricoli è un problema mondiale e le principali cause di questo problema sono i lieviti e le muffe. La crescita di muffe negli alimenti e nei mangimi, porta alla produzione di micotossine. Le micotossine sono sostanze chimiche tossiche e cancerogene e il loro consumo pone seri rischi per la salute di esseri umani e animali. Gli alimenti che hanno la crescita di muffe non sono adatti al consumo. Accade spesso che un alimento che non mostra segni di deterioramento sia contaminato da micotossine letali. Vari trattamenti e tecniche vengono utilizzati dai tecnologi alimentari per identificare e analizzare la produzione di micotossine negli alimenti e nei mangimi.