Os fungos endófitos vivem dentro da planta sem causar qualquer dano. A relação que a planta tem com o fungo é da maior importância, já que o fungo é capaz de produzir compostos bioativos que dão proteção ao seu hospedeiro contra o ataque de patógenos e insetos de pragas, também lhes dá tolerância à seca, aumenta a biomassa da planta, entre outros benefícios. Também é atribuída a capacidade de secretar metabolitos secundários como terpenos, alcalóides e compostos aromáticos que são usados como antimicrobianos, antivirais e inseticidas. Nos últimos anos, para o controle de pragas, o uso de microorganismos como bactérias, fungos e vírus tem sido implementado em função do controle biológico, devido à sua eficácia e menor dano ao meio ambiente, reduzindo assim o uso de produtos químicos (inseticidas). No controle de pragas de insetos, são utilizados fungos endófitos, pois são capazes de causar doenças ao inseto e posteriormente causar sua morte, graças aos esporos que secretam.
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