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Salztoleranz und molekularer Polymorphismus bei Reis wurden anhand einer segregierenden F3-Population von CSR10 (salztoleranter Indica) x HBC19 (Taraori Basmati, hochwertiger traditioneller Basmati, salzempfindlich) analysiert. Von den 38 ISSR-Primern aus dem UBC-Primersatz #9 wurden 26 Primer auf der Grundlage der Amplifikation von scharfen und klaren Banden ausgewählt und für die weitere molekulare Markeranalyse verwendet. Mit 26 ISSR-Primern wurden insgesamt 149 Banden amplifiziert. Im Durchschnitt wurden 5,7 Banden pro Primer entdeckt, wobei die Anzahl der Banden pro Primer zwischen 4 und 11 lag. Die Gesamtgröße der PCR-Produkte lag zwischen 200 und 3530 bp. Von den 149 Banden waren 89 mono-morph und 60 poly-morph. Vier der 149 Banden waren nur bei den F3-Pflanzen vorhanden. Die polymorphen Banden, die mit den Primernummern 825, 826, 836, 849, 853, 848 und 866 amplifiziert wurden, waren bei salztoleranten Genotypen häufiger vorhanden (bis zu 90 %) als bei salzempfindlichen Genotypen. Bei solchen polymorphen Banden ist die Wahrscheinlichkeit größer, dass sie mit den Genen/QTLs für Salztoleranz verknüpft sind, und sie sollten das Ziel weiterer Studien sein.