Infotext:
Gene, Genome und Sequenzen auf der einen Seite, Algorithmen, Computer und Informatik auf der anderen - beide üben Faszination aus, halten aber viele Interessenten auf respektvolle Distanz. Die Schnittstelle der Bereiche ist mit dem modernen Begriff Bioinformatik belegt. In der Tat hat die Synthese von zwei unabhängigen Disziplinen selten so viele faszinierende neue Einsichten geliefert.
Eine spannende Teildisziplin der Bioinformatik ist die Molekulare Phylogenetik, deren Ziel die Rekonstruktion von Stammbäumen aus molekularen Daten ist: Computer, moderne Molekularbiologie und Kladistik haben der etwas angestaubten biologischen Systematik und Taxonomie eine ungeahnte Renaissance verschafft. Der Einstieg in beide Welten gleichzeitig - Molekularbiologie und Phylogenetik - ist nicht unbedingt einfach. Hier will das neue Buch eine Lücke schließen. Die molekularen Datenbanken sind öffentlich und die notwendige Software fast immer kostenlos - man braucht nur PC und das Internet.
Einführende Kapitel in die Molekularbiologie, in Evolution, Taxonomie und Kladistik, in Computerprogramme zur Sequenzverwaltung und für molekulare Phylogenetik ermöglichen je nach Wissenshintergrund den schnellen Einstieg. Wer schon etwas weiß, dem wird in einem speziellen Kapitel der direkte Weg zum Stammbaum aufgezeigt. Und wer es genau wissen will, bekommt detaillierte Einführungen in die wichtigen methodischen Ansätze: Parsimonie, Distanzverfahren, Likelihood und natürlich auch die neuen Bayesianischen Verfahren. Alles wird "hands on" anhand von nachvollziehbaren Beispielen mit der gängigen Software besprochen, die aus dem Internet bezogen werden kann (BioEdit, Clustal, MEGA, MrBayes, PAML, PAUP, SplitsTree oder TreePuzzle).
Das neue Buch bietet so eine ideale Balance zwischen Theorie und Praxis, um auch wirklich zu greifbaren Ergebnissen zu kommen. Es hat zahlreiche Illustrationen, bietet am Ende der Kapitel Hinweise zum Weiterlesen und schließt mit einem Glossar und einem umfangreichen Index.
Pressestimme:
V. Knoop und K. Müller haben ein hervorragendes Einsteigerhandbuch mit sehr viel Engagement und didaktischem Können produziert, das alle wichtigen Themen berücksichtigt und das man gerne lesen mag. Es gibt einen kompetenten Überblick über die molekulare Systematik und Phylogenetik. Gene und Stammbäume sollte man allen ans Herz legen, die sich mit dieser wichtigen und zukunftsweisenden Materie wissenschafltich beschäftigen wollen.
Physik in unserer Zeit
Inhaltsverzeichnis:
1 Die Molekularen Grundlagen des Lebens
1.1 Gene und Genome, Nukleotide und DNA
1.2 Der genetische Code
1.3 Die Proteinbiosynthese
1.4 Genome in Kern, Mitochondrien und Chloroplasten
1.5 Molekulare Besonderheiten
1.6 Aus der Werkzeugkiste der Molekulargenetik
1.7 Leseempfehlungen
2 Evolution, Taxonomie und Phylogenie
2.1 Evolution
2.2 Taxonomie
2.3 Phylogenetik
2.4 Molekulare Phylogenetik
2.5 Vom Alignment zum Stammbaum
2.6 Leseempfehlungen
3 Datenbanken, Molekulare Sequenzen, Programme
3.1 Die öffentlichen Datenbanken für molekulare Sequenzdaten
3.2 Suchstrategien in Datenbanken
3.3 Sequenzverwaltung und Alignments
3.4 Integrierte Programmpakete für die phylogenetische Analyse (MEGA, PAUP*, PHYLIP)
3.5 Speziellere Anwendungen in phylogenetischen Analysen
3.6 Graphische Baumdarstellungen
3.7 Anwendungen im WWW
3.8 Leseempfehlungen
4 Ein schneller Weg zum Stammbaum
4.1 Die wichtigen Software-Pakete im Vergleich
4.2 Leichter Einstieg mit MEGA
4.3 Arbeiten mit PAUP*
4.4 Leseempfehlungen
5 Parsimonieanalyse
5.1 Das Parsimonieprinzip
5.2 Gar nicht sparsam: Noch mehr über Parsimonie
5.3 Auf Baumsuche
5.4 Merkmalstypen: Dollo, Fitch und Wagner
5.5 Die Messung von Homoplasie
5.6 Size matters: Besondere Ansätze für Riesendatensätze
5.7 Erweiterte Kenntnisse in PAUP nachvollziehen
5.8 Leseempfehlungen
6 Distanzverfahren
6.1 Die Notwendigkeit von Korrekturannahmen
6.2 Die verschiedenen Typen von Substitutionen
6.3 Das Messen von genetischen Distanzen
6.4 Vergleich der Substitutionsmodelle
6.5 Bäume aus Distanzen I: Suchverfahren
6.6 Bäume aus Distanzen II: Clustering-Methoden
6.7 Geringe Distanz zur Praxis: Distanzen in PAUP
6.8 Leseempfehlungen
7 Maximum Likelihood
7.1 Wahrscheinlichkeit
7.2 Berechnung der Wahrscheinlichkeit für einen gegebenen Baum
7.3 Alte Bekannte: Substitutionsmodelle
7.4 Buchen sollst Du suchen: Welcher ist der wahrscheinlichste Baum?
7.5 ML und Batch Files in PAUP
7.6 Quartette, Puzzle, und Mensch-ärgere-dich-nicht
7.7 Leseempfehlungen
8 Bayesianische Statistik
8.1 Frisch ans Werk - die Verwendung von MrBayes
8.2 Bayesianische Statistik - wer's genauer wissen will
8.3 Leseempfehlungen
9 Evaluation von Stammbäumen und Vergleich der Methoden
9.1 Typische Probleme, Stärken und Schwächen der Methoden
9.2 Evaluation von Stammbäumen
9.3 Leseempfehlungen
10 Probleme, Grenzfälle und neuere Konzepte
10.1 Rates und Dates: Molekulare Uhren und Datierung
10.2 Relative Rate Tests
10.3 Genfamilien
10.4 Horizontaler Gentransfer
10.5 Konzertierte Evolution
10.6 Weitere methodische Ansätze
10.7 Leseempfehlungen
Literatur
Glossar
Index
Gene, Genome und Sequenzen auf der einen Seite, Algorithmen, Computer und Informatik auf der anderen - beide üben Faszination aus, halten aber viele Interessenten auf respektvolle Distanz. Die Schnittstelle der Bereiche ist mit dem modernen Begriff Bioinformatik belegt. In der Tat hat die Synthese von zwei unabhängigen Disziplinen selten so viele faszinierende neue Einsichten geliefert.
Eine spannende Teildisziplin der Bioinformatik ist die Molekulare Phylogenetik, deren Ziel die Rekonstruktion von Stammbäumen aus molekularen Daten ist: Computer, moderne Molekularbiologie und Kladistik haben der etwas angestaubten biologischen Systematik und Taxonomie eine ungeahnte Renaissance verschafft. Der Einstieg in beide Welten gleichzeitig - Molekularbiologie und Phylogenetik - ist nicht unbedingt einfach. Hier will das neue Buch eine Lücke schließen. Die molekularen Datenbanken sind öffentlich und die notwendige Software fast immer kostenlos - man braucht nur PC und das Internet.
Einführende Kapitel in die Molekularbiologie, in Evolution, Taxonomie und Kladistik, in Computerprogramme zur Sequenzverwaltung und für molekulare Phylogenetik ermöglichen je nach Wissenshintergrund den schnellen Einstieg. Wer schon etwas weiß, dem wird in einem speziellen Kapitel der direkte Weg zum Stammbaum aufgezeigt. Und wer es genau wissen will, bekommt detaillierte Einführungen in die wichtigen methodischen Ansätze: Parsimonie, Distanzverfahren, Likelihood und natürlich auch die neuen Bayesianischen Verfahren. Alles wird "hands on" anhand von nachvollziehbaren Beispielen mit der gängigen Software besprochen, die aus dem Internet bezogen werden kann (BioEdit, Clustal, MEGA, MrBayes, PAML, PAUP, SplitsTree oder TreePuzzle).
Das neue Buch bietet so eine ideale Balance zwischen Theorie und Praxis, um auch wirklich zu greifbaren Ergebnissen zu kommen. Es hat zahlreiche Illustrationen, bietet am Ende der Kapitel Hinweise zum Weiterlesen und schließt mit einem Glossar und einem umfangreichen Index.
Pressestimme:
V. Knoop und K. Müller haben ein hervorragendes Einsteigerhandbuch mit sehr viel Engagement und didaktischem Können produziert, das alle wichtigen Themen berücksichtigt und das man gerne lesen mag. Es gibt einen kompetenten Überblick über die molekulare Systematik und Phylogenetik. Gene und Stammbäume sollte man allen ans Herz legen, die sich mit dieser wichtigen und zukunftsweisenden Materie wissenschafltich beschäftigen wollen.
Physik in unserer Zeit
Inhaltsverzeichnis:
1 Die Molekularen Grundlagen des Lebens
1.1 Gene und Genome, Nukleotide und DNA
1.2 Der genetische Code
1.3 Die Proteinbiosynthese
1.4 Genome in Kern, Mitochondrien und Chloroplasten
1.5 Molekulare Besonderheiten
1.6 Aus der Werkzeugkiste der Molekulargenetik
1.7 Leseempfehlungen
2 Evolution, Taxonomie und Phylogenie
2.1 Evolution
2.2 Taxonomie
2.3 Phylogenetik
2.4 Molekulare Phylogenetik
2.5 Vom Alignment zum Stammbaum
2.6 Leseempfehlungen
3 Datenbanken, Molekulare Sequenzen, Programme
3.1 Die öffentlichen Datenbanken für molekulare Sequenzdaten
3.2 Suchstrategien in Datenbanken
3.3 Sequenzverwaltung und Alignments
3.4 Integrierte Programmpakete für die phylogenetische Analyse (MEGA, PAUP*, PHYLIP)
3.5 Speziellere Anwendungen in phylogenetischen Analysen
3.6 Graphische Baumdarstellungen
3.7 Anwendungen im WWW
3.8 Leseempfehlungen
4 Ein schneller Weg zum Stammbaum
4.1 Die wichtigen Software-Pakete im Vergleich
4.2 Leichter Einstieg mit MEGA
4.3 Arbeiten mit PAUP*
4.4 Leseempfehlungen
5 Parsimonieanalyse
5.1 Das Parsimonieprinzip
5.2 Gar nicht sparsam: Noch mehr über Parsimonie
5.3 Auf Baumsuche
5.4 Merkmalstypen: Dollo, Fitch und Wagner
5.5 Die Messung von Homoplasie
5.6 Size matters: Besondere Ansätze für Riesendatensätze
5.7 Erweiterte Kenntnisse in PAUP nachvollziehen
5.8 Leseempfehlungen
6 Distanzverfahren
6.1 Die Notwendigkeit von Korrekturannahmen
6.2 Die verschiedenen Typen von Substitutionen
6.3 Das Messen von genetischen Distanzen
6.4 Vergleich der Substitutionsmodelle
6.5 Bäume aus Distanzen I: Suchverfahren
6.6 Bäume aus Distanzen II: Clustering-Methoden
6.7 Geringe Distanz zur Praxis: Distanzen in PAUP
6.8 Leseempfehlungen
7 Maximum Likelihood
7.1 Wahrscheinlichkeit
7.2 Berechnung der Wahrscheinlichkeit für einen gegebenen Baum
7.3 Alte Bekannte: Substitutionsmodelle
7.4 Buchen sollst Du suchen: Welcher ist der wahrscheinlichste Baum?
7.5 ML und Batch Files in PAUP
7.6 Quartette, Puzzle, und Mensch-ärgere-dich-nicht
7.7 Leseempfehlungen
8 Bayesianische Statistik
8.1 Frisch ans Werk - die Verwendung von MrBayes
8.2 Bayesianische Statistik - wer's genauer wissen will
8.3 Leseempfehlungen
9 Evaluation von Stammbäumen und Vergleich der Methoden
9.1 Typische Probleme, Stärken und Schwächen der Methoden
9.2 Evaluation von Stammbäumen
9.3 Leseempfehlungen
10 Probleme, Grenzfälle und neuere Konzepte
10.1 Rates und Dates: Molekulare Uhren und Datierung
10.2 Relative Rate Tests
10.3 Genfamilien
10.4 Horizontaler Gentransfer
10.5 Konzertierte Evolution
10.6 Weitere methodische Ansätze
10.7 Leseempfehlungen
Literatur
Glossar
Index
"V. Knoop und K. Müller haben ein hervorragendes Einsteigerhandbuch mit sehr viel Engagement und didaktischem Können produziert, das alle wichtigen Themen berücksichtigt und das man gerne lesen mag. Es gibt einen kompetenten Überblick über die molekulare Systematik und Phylogenetik. Gene und Stammbäume sollte man allen ans Herz legen, die sich mit dieser wichtigen und zukunftsweisenden Materie wissenschafltich beschäftigen wollen." - Physik in unserer Zeit
Herrlich wie Knoop und Müller den trockenen Stoff der molekularen Phylogenetik in einfacher, unprätentiöser und humorvoller Rede pädagogisch aufbereitet haben: Viel besser kann man das nicht darstellen. (...) Ein bemerkenswertes, ein empfehlenswertes Buch.
Laborjournal, Oktober 2010
Das buch bietet so eine ideale Balance zwischen Theorie und Praxis. Es hat zahlreiche Illustrationen, bietet am Ende der Kapitel Hinweise zum Weiterlesen und schließt mit einem Glossar und einem umfangreichen Index.
www.literatur-report.de, November 2008
Der Einstieg in beide Welten gleichzeitig - Molekularbiologie und Phylogenetik - ist nicht unbedingt einfach. Hier will dieses Buch eine Lücke schließen. Die molekularen Datenbanken sind öffentlich und die notwendige Software fast immer kostenlos - man braucht nur PC, das Internet und dieses Buch. Lebensmittel & Biotechnologie
V. Knoop und K. Müller haben ein hervorragendes Einsteigerhandbuch mit sehr viel Engagement und didaktischem Können produziert, das alle wichtigen Themen berücksichtigt und das man gerne lesen mag. Es gibt einen kompetenten Überblick über die molekulare Systematik und Phylogenetik. Gene und Stammbäume sollte man allen ans Herz legen, die sich mit dieser wichtigen und zukunftsweisenden Materie wissenschafltich beschäftigen wollen.
Physik in unserer Zeit
(...) ein richtiges Arbeitsbuch, das für Studierende und jene mit Nachholbedarf in kompakten Portionen alles Wichtige bereitstellt. Es kann daher allen Interessierten empfohlen werden.
Chemiereport.at
Laborjournal, Oktober 2010
Das buch bietet so eine ideale Balance zwischen Theorie und Praxis. Es hat zahlreiche Illustrationen, bietet am Ende der Kapitel Hinweise zum Weiterlesen und schließt mit einem Glossar und einem umfangreichen Index.
www.literatur-report.de, November 2008
Der Einstieg in beide Welten gleichzeitig - Molekularbiologie und Phylogenetik - ist nicht unbedingt einfach. Hier will dieses Buch eine Lücke schließen. Die molekularen Datenbanken sind öffentlich und die notwendige Software fast immer kostenlos - man braucht nur PC, das Internet und dieses Buch. Lebensmittel & Biotechnologie
V. Knoop und K. Müller haben ein hervorragendes Einsteigerhandbuch mit sehr viel Engagement und didaktischem Können produziert, das alle wichtigen Themen berücksichtigt und das man gerne lesen mag. Es gibt einen kompetenten Überblick über die molekulare Systematik und Phylogenetik. Gene und Stammbäume sollte man allen ans Herz legen, die sich mit dieser wichtigen und zukunftsweisenden Materie wissenschafltich beschäftigen wollen.
Physik in unserer Zeit
(...) ein richtiges Arbeitsbuch, das für Studierende und jene mit Nachholbedarf in kompakten Portionen alles Wichtige bereitstellt. Es kann daher allen Interessierten empfohlen werden.
Chemiereport.at