Se analizó la tolerancia a la salinidad y el polimorfismo molecular en el arroz utilizando una población segregante F3 CSR10 (indica tolerante a la sal) x HBC19 (Taraori Basmati, Basmati tradicional de primera calidad, sensible a la sal). De los 38 cebadores ISSR del conjunto de cebadores UBC nº 9, se seleccionaron 26 cebadores sobre la base de la amplificación de bandas nítidas y claras y se utilizaron para el posterior análisis del marcador molecular. Los 26 cebadores ISSR amplificaron un total de 149 bandas. Se detectó una media de 5,7 bandas por cebador y el número de bandas por cebador osciló entre 4 y 11. El tamaño total de los productos PCR osciló entre 200 y 3530 pb. De las 149 bandas, 89 eran monomórficas y 60 polimórficas. Cuatro bandas de las 149 estaban presentes sólo en las plantas F3. Las bandas polimórficas amplificadas con los cebadores 825, 826, 836, 849, 853, 848 y 866 estaban presentes con mayor frecuencia (hasta un 90%) en los genotipos tolerantes a la sal en comparación con los genotipos sensibles a la sal. Estas bandas polimórficas tienen más posibilidades de tener un vínculo con los genes/QTL para la tolerancia a la salinidad y deberían ser el objetivo de futuros estudios.