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La tolleranza alla salinità e il polimorfismo molecolare nel riso sono stati analizzati utilizzando una popolazione segregante F3 CSR10 (indica tollerante al sale) x HBC19 (Taraori Basmati, Basmati tradizionale premium, sensibile al sale). Dei 38 primer ISSR del set di primer UBC #9, 26 primer sono stati selezionati sulla base dell'amplificazione di bande chiare e nitide e utilizzati per ulteriori analisi dei marcatori molecolari. I 26 primer ISSR hanno amplificato un totale di 149 bande. In media sono state rilevate 5,7 bande per ogni primer e il numero di bande per ogni primer variava da 4 a 11. La dimensione complessiva dei prodotti PCR variava da 200 a 3530 bp. Delle 149 bande, 89 erano monomorfiche e 60 polimorfiche. Quattro delle 149 bande erano presenti solo nelle piante F3. Le bande polimorfiche amplificate con i primer numero 825, 826, 836, 849, 853, 848 e 866 erano più frequentemente presenti (fino al 90%) nei genotipi tolleranti al sale rispetto a quelli sensibili al sale. Queste bande polimorfiche hanno maggiori probabilità di avere un legame con i geni/QTL per la tolleranza alla salinità e dovrebbero essere oggetto di ulteriori studi.