A pesar que los Viveros de Empresas o Incubadoras de Negocio han estado operando desde hace varias décadas (de los años 50 del siglo pasado) y han demostrado su importancia estratégica como herramientas productoras de empleo y estabilidad económica en los países donde se implantan, el desarrollo de un cuerpo de conocimiento basado en su experiencia e investigación ha sido lento y poco fructífero y es precisamente en este punto que toma importancia este manuscrito. En éste, se propone una metodología "Incubación Sinérgica Mutualista" para la evaluación, diseño, ejecución, control e implantación de proyectos de incubación en un vivero empresarial. Dicha metodología propone la Interdisciplinariedad como rectora e hilo conductor de todo proceso de incubación, su fortaleza, centro de masa y punta de lanza, es la simbiosis mutualista entre la metodología del Marco Lógico, la metodología de Gerencia de Proyecto contenida en el PMBok del PMI y la Norma ISO 9001 del Sistema de Gestión de la Calidad, con una línea de pensamiento sistémico transversal como lo es la Investigación-Acción-Participativa.