Gli agenti genetici ed epigenetici sono comunemente osservati nell'HCC. Il sistema epigenetico ha due ali che volano, una è costituita dai processi epigenetici come la metilazione del DNA, la modificazione degli istoni, la seconda è costituita dai fattori epigenetici che sono di due tipi, fattori interni come gli RNA non codificanti (ncRNA) e fattori esterni come gli alimenti preventivi. Tutti questi fattori sono collegati alla progressione e alla metastasi dell'HCC.