Le piante medicinali sviluppano diversi meccanismi di tolleranza, come la produzione di metaboliti secondari, la regolazione del sistema di membrane, il mantenimento dell'architettura della parete cellulare, gli antiossidanti, i fitormoni e l'accumulo di osmoliti nei confronti degli stress abiotici. I diversi tipi di stress abiotici sono la salinità, la temperatura, lo stress idrico, le variazioni di radiazione, gli stress chimici e meccanici. Lo stress da luce può indurre la produzione di metaboliti secondari come flavonoli, terpenoidi, flavonoidi, alcaloidi, glicosidi, tannini, idrossicinnamici, artemisina, acidi fenolici, glicoalcaloidi, luteolina, apigenina e fitosteroli. Lo stress da siccità può portare alla produzione di artemisinina, isoprene, composti fenolici lipofili, alcaloidi, tannini e antociani. Flavonoidi, steroidi, terpeni, amminoacidi, fenilpropanoidi, alcaloidi, chinoni, glicosidi e oli volatili sono classificati nella medicina tradizionale cinese. La componente dei ginsenosidi nel ginseng è influenzata in modo significativo dalla siccità, dalla luce, dalla qualità del suolo e dalle variazioni di temperatura.
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