La plupart des églises bien établies au Kenya trouvent leurs racines dans les premiers travaux missionnaires, lorsque les Européens ont commencé à s'intéresser à la région et qu'ils y ont vu une occasion de prêcher à un nouveau peuple. Il y a plus de 4 000 églises enregistrées au Kenya, appartenant à une variété innombrable de dénominations. Il peut s'agir d'églises très traditionnelles ou d'églises évangéliques et gospel moins connues. Les églises au Kenya sont principalement chrétiennes, bien que de nombreuses dénominations et congrégations différentes existent au sein de la population. Dans l'ensemble, plus des trois quarts de la population s'identifient comme chrétiens (soit protestants, soit catholiques romains). Au départ, l'action missionnaire catholique romaine en Afrique de l'Est a été lancée par la Congrégation française du Saint-Esprit parmi les anciens esclaves de la Réunion. L'initiative revient à l'évêque Maupoint, qui établit une station permanente à Zanzibar en 1863, avec deux prêtres, Anthony Homier et Edward Baur, et deux frères. Au plus fort de l'abolition de la traite négrière, la Congrégation se rend en métropole, à Bagamoyo, où elle établit une autre station qui sert de village de réinstallation pour les esclaves libérés.