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Os morcegos são o segundo grupo de mamíferos mais diverso, cuja importância reside principalmente nas suas funções ecológicas no ecossistema. No Pico San Juan, não existem estudos que comparem a composição de espécies em diferentes faixas altitudinais. O objetivo do presente trabalho foi identificar e comparar as assembleias de morcegos distribuídas a uma escala altitudinal regional. O monitoramento foi realizado por três noites consecutivas durante o mês de setembro de 2018 em três faixas altitudinais: 600 m, 800 m, 1100 m, localizadas no município de Cumanayagua, província de Cienfuegos, centro-sul de Cuba. Foram utilizadas três redes de neblina de 9 metros para a identificação das espécies de morcegos. Foram identificadas 11 espécies de morcegos, pertencentes a quatro famílias e 10 géneros, representando 42,3% da quiropterofauna de Cuba e 57,9% de Guamuhaya. O grupo trófico mais bem representado foi o dos insectívoros (6 espécies). Foi demonstrado que a riqueza de espécies é influenciada pelo gradiente altitudinal, que é responsável pela heterogeneidade da paisagem no Pico San Juan.