En el presente trabajo se evaluó el estado físico y se tomaron muestras cloacales para aislamiento e identificación bacteriológica de la herpetofauna del Parque Ecológico Chipinque. Se muestrearon 54 ejemplares de 14 especies diferentes, su evaluación física constó en revisarlos externamente, pesarlos, sexarlos y medirlos. Solamente doce ejemplares resultaron con algún daño corporal. El aislamiento e identificación bacteriológica se realizó mediante la siembra en diferentes agares, tinción de Gram, pruebas de catalasa, coagulasa y oxidasa y también mediante el sistema automatizado de identificación microbiológica Vitek. Se aislaron e identificaron 33 especies diferentes de bacterias, siendo en total 450 cepas: 293 Gram negativas y 157 Gram positivas. 29 cepas fueron identificadas por el sistema Vitek. A partir de la evaluación del estado físico y del análisis de las bacterias cloacales de la herpetofauna del Parque Ecológico Chipinque se estableció la sanidad del hábitat la cual consideramos es adecuada y no ha sufrido mayor impacto ambiental por la presencia humana.