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En los últimos años, la bioinformática se ha convertido en una herramienta esencial en el estudio de la biología molecular. En efecto, el estudio de las proteínas y del ADN genera una gran cantidad de información que es necesario procesar. Este Proyecto trata en particular del problema de alineamiento de secuencias múltiples. La herramienta que se implementó se basa en la librería BioJava que proporciona funciones diseñadas para el manejo de secuencias genéticas. También se hace uso de la herramienta ClustalW que es una implementación sumamente eficiente de un algoritmo de alineamiento de secuencias. La herramienta implementada tiene una interfaz gráfica amigable y tiene una arquitectura extensible que permite añadir nuevas funcionalidades. En efecto, uno de los grandes resultados de este Proyecto es contar con una herramienta que sirve de base para nuevas implementaciones de funcionalidades requeridas en el campo de la bioinformática. De esta forma esta herramienta se constituyeen una plataforma para proyectos futuros.