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El género Lotus comprende un heterogéneo grupo de especies, que incluyen genotipos de interés agronómico y especies modelo que pueden ser usadas para trabajos de genética cuantitativa. En este trabajo, para establecer múltiples condiciones de intensidad y tiempo de estrés salino y osmótico, se utilizaron cuatro sistemas experimentales diferentes: placas, pouch, hidroponía y macetas. Estos permitieron discriminar respuestas fisiológicas, basadas en parámetros de crecimiento y desarrollo, en los genotipos Lotus japonicus (ecotipos MG20 y Gifu) y Lotus burttii. Esta información fue utilizada para caracterizar las respuestas frente a estas condiciones y tipos de estrés de una población de líneas recombinantes puras (RILs), producto del cruzamiento de Lotus japonicus Gifu x Lotus burttii, y para identificar loci asociados a rasgos cuantitativos (QTLs). En total se mapearon 18 QTLs. En la condición de estrés osmótico el alelo del parental L. burttii fue superior en 14 QTLs, mientras que en estrés salino el alelo de este parental fue superior en 9 QTLs. Este estudio provee herramientas útiles para potenciar los programas de mejoramiento de leguminosas cultivables de interés agronómico.