As salas limpas são amplamente empregadas em indústrias farmacêuticas destinadas a fabricar medicamentos e dispositivos estéreis. Nós empregamos coloração de Gram e cromatografia gasosa de ésteres metílicos de ácidos graxos extraídos de células íntegras de micro-organismos ambientais para caracterizar e identificar bactérias isoladas em 50 salas limpas diferentes projetadas para a fabricação de medicamentos estéreis e para fornecer um perfil de ácidos graxos das espécies mais comuns de bactérias isoladas. Uma análise estatística nos permitiu corroborar estudos anteriores e confirmar que cocos Gram positivos é o grupo mais relevante de micro-organismos presentes nas salas limpas avaliadas. Os perfis de ácidos graxos destas bactérias são, na maioria, consistentes com as bibliotecas padrão. Finalmente, um estudo comparativo de algumas bactérias incubadas em diferentes temperaturas confirmou que o perfil de ácidos graxos é altamente influenciado pela temperatura. Portanto, nós acreditamos que este trabalho possa contribuir para identificar e compreender a comunidade bacteriana de algumas salas limpas farmacêuticas.