Obwohl Pilzinfektionen in erheblichem Maße zur Morbidität und Mortalität des Menschen beitragen, wird die Wirkung dieser Krankheiten auf die menschliche Gesundheit nicht geschätzt. Die Diagnose von Pilzinfektionen ist eine Herausforderung, insbesondere bei einem immungeschwächten Wirt. Anzeichen und Symptome sind unspezifisch, eine Kolonisierung ist schwer von einer invasiven Erkrankung zu unterscheiden, Blutkulturen (BC) sind in der Regel negativ, und die Patienten sind oft nicht in der Lage, sich invasiven Diagnoseverfahren zu unterziehen. Kulturen und mikroskopische Untersuchungen sind nach wie vor der "Goldstandard", aber sie sind unempfindlich. Meistens werden Antigentests wie die Glukan- und Galaktomannan-Nachweissysteme verwendet. Diese Tests sind jedoch je nach Patientengruppe unterschiedlich empfindlich und spezifisch. Molekularbasierte Tests sind noch nicht klinisch validiert, aber die Fortschritte in der Molekulartechnologie zeigen ein großes Potenzial für den schnellen Nachweis und die Identifizierung von Pilzen für medizinische, wissenschaftliche und kommerzielle Zwecke. Einige neue Methoden wie die MALDI-TOF MS sind jedoch zur Standardmethode für die routinemäßige Identifizierung der meisten mikrobiellen Organismen in klinischen Labors geworden und haben biochemische Tests weitgehend ersetzt.