A maioria das igrejas bem estabelecidas no Quénia têm as suas raízes no trabalho missionário inicial, quando os europeus se interessaram pela área pela primeira vez e viram uma oportunidade de pregar a um vasto povo novo. Existem mais de 4.000 igrejas registadas no Quénia, pertencentes a uma inumerável variedade de denominações. Podem ir desde igrejas muito populares, a igrejas evangélicas e evangélicas menos conhecidas. As igrejas no Quénia são predominantemente cristãs, embora existam muitas denominações e congregações diferentes dentro da população. Em geral, mais de três quartos da população identificam-se como cristãos (protestantes ou católicos romanos) Para começar, o alcance missionário católico romano na África Oriental foi iniciado pela Congregação Francesa do Espírito Santo entre os ex-escravos da Reunião. A iniciativa foi tomada pelo bispo Maupoint, que estabeleceu uma estação permanente em Zanzibar em 1863, com dois sacerdotes, Anthony Homier e Edward Baur, e dois irmãos. No auge da abolição do tráfico de escravos, a Congregação foi para o continente em Bagamoyo, onde estabeleceram outra estação que serviu de aldeia de reinstalação para os escravos libertados.