Ce travail de recherche porte sur l'investigation des propriétés magnétiques des supraconducteurs non conventionnels. Le comportement des vortex est étudié dans ces supraconducteurs à l'aide d'un microscope original en champ proche utilisant un microSQUID. Cette technique d'imagerie magnétique réalise un de meilleur compromis entre la sensibilité magnétique et spatiale. On observe pour la première fois des vortex individuels dans le supraconducteur de type p Sr2RuO4. Une coalescence des vortex a lieu à fort champ magnétique, qui peut être expliquée par la présence des domaines de différente chiralité. Dans ce système, un rôle important joue aussi l'anisotropie: des chaînes de vortex sont observés en inclinant le champ. Ces résultats démontrent que Sr2RuO4 est un supraconducteur non conventionnel fortement anisotrope. Des vortex individuels et de domaines de flux sont également observés dans un autre supraconducteur non conventionnel UPt3. Dans ce cas, les domaines peuvent aussi être expliqués par une symétrie de type triplet.