I fiumi costituiscono spesso il principale collegamento tra ecosistemi interagenti. L'inquinamento dell'acqua presenta due aspetti. L'impatto umano è sui sistemi acquatici come fiumi, zone umide, bacini e acque sotterranee. Gli effetti indiretti sono causati dall'uso del suolo nei bacini idrografici, come la deforestazione, le piantagioni e gli insediamenti umani.L'intenso sviluppo agricolo e urbano ha comportato un'elevata domanda di risorse idriche sotterranee nelle aree urbane di tutto il mondo e ha messo queste risorse a maggior rischio di contaminazione. Il rischio di contaminazione delle acque sotterranee è influenzato da due fattori: (1) le proprietà intrinseche dell'ambiente idrogeologico, principalmente i fattori che influenzano il trasporto e la stabilità dei contaminanti derivati dalla superficie del terreno; e (2) il carico di contaminanti, principalmente da fonti antropiche. In molti casi, le aree urbane presentano sia le proprietà intrinseche sia il carico di contaminanti che determinano un elevato rischio di contaminazione delle acque sotterranee.