Las poblaciones afectadas por conflictos armados y otras situaciones de emergencia experimentan severas consecuencias en salud pública, causadas por poblaciones desplazadas, inseguridad alimentaria, colapso de los servicios de salud, etc. Todo esto lleva a un incremento en el riesgo de la aparición de epidemias. Las enfermedades transmisibles solas o junto a la malnutrición representan la mayor causa de muerte en situaciones de emergencia compleja. Las más comunes son las enfermedades diarreicas, el sarampión y la malaria. Existen numerosos factores de riesgo comunes en la mayor parte de ellas y otros más específicos que aumentan la incidencia, duración y gravedad de los brotes. Para evitarlos es necesario tomar una serie de medidas de prevención, así como conocer el modo de actuación, una vez se hayan detectado los primeros casos. Dependiendo del país, del tipo de emergencia compleja y de como haya sido la actuación de los servicios de salud, las consecuencias y la incidencia en el número de muertos y casos, serán distintos.