La pratica endodontica non è priva di rischi, una serie di incidenti tecnici può complicare il trattamento canalare, influenzando la prognosi e pregiudicando le possibilità di successo. Ogni trattamento comporta potenziali rischi e benefici. Una complicazione significativa, che porta all'estrazione di un dente, è la frattura della radice o una perforazione irreparabile. Anche incidenti come la rottura dello strumento o il trasporto del centro di un determinato canale radicolare possono avere un impatto negativo sull'esito del trattamento. La terapia canalare fallisce a causa di microperdite e infezioni batteriche. La causa precisa dei fallimenti endodontici può essere attribuita a inadeguatezze nella detersione, sagomatura e otturazione tridimensionale.