Le popolazioni colpite da conflitti armati e altre situazioni di emergenza subiscono gravi conseguenze per la salute pubblica, a causa degli sfollati, dell'insicurezza alimentare, del collasso dei servizi sanitari, ecc. Tutto ciò comporta un aumento del rischio di epidemie. Le malattie trasmissibili, da sole o insieme alla malnutrizione, rappresentano la principale causa di morte nelle emergenze complesse. Le più comuni sono le malattie diarroiche, il morbillo e la malaria. Esistono numerosi fattori di rischio comuni alla maggior parte di esse e altri più specifici che aumentano l'incidenza, la durata e la gravità delle epidemie. Per evitarli, è necessario adottare una serie di misure preventive e sapere come agire una volta individuati i primi casi. A seconda del Paese, del tipo di emergenza complessa e di come i servizi sanitari hanno agito, le conseguenze e l'impatto sul numero di morti e di casi varieranno.