As populações afectadas por conflitos armados e outras situações de emergência têm graves consequências para a saúde pública, causadas por populações deslocadas, insegurança alimentar, colapso dos serviços de saúde, etc. Tudo isto conduz a um risco acrescido de epidemias. As doenças transmissíveis, isoladamente ou em conjunto com a subnutrição, representam a principal causa de morte em situações de emergência complexas. As mais comuns são as doenças diarreicas, o sarampo e a malária. Existem numerosos factores de risco comuns à maioria destas doenças e outros mais específicos que aumentam a incidência, a duração e a gravidade dos surtos. Para os evitar, é necessário tomar uma série de medidas preventivas, bem como saber como atuar depois de detectados os primeiros casos. Dependendo do país, do tipo de emergência complexa e da forma como os serviços de saúde actuaram, as consequências e o impacto no número de mortes e de casos variam.