El presupuesto del estado asignado a la Educación Superior en Cuba es representativo dentro de la estructura del gasto público de la nación, por lo que su uso eficiente y eficaz constituye una necesidad para el logro de los objetivos institucionales. A tenor de lo planteado, se han emitido regulaciones por el Ministerio de Finanzas y Precios que obligan a los administradores de diferentes niveles presupuestarios a una visión anticipada en la ejecución del mismo. Se elabora un esquema lógico-metodológico para diseñar indicadores de gestión financiera presupuestaria con enfoque de riesgos para las universidades cubanas que contribuya a su control y al perfeccionamiento de la gestión presupuestaria al complementarse la información proporcionada por los estados contables con la de los indicadores financieros de gestión. Los resultados permitieron fundamentar, de manera anticipada, la toma de decisiones en los diferentes niveles de dirección y mejorar la preparación para las acciones a realizar en cada caso, gestionar oportunamente los riesgos y adoptar decisiones que provoquen una menor afectación en la ejecución presupuestaria y minimizar los flujos financieros.