La réussite des traitements des infections endodontiques primaires et secondaires passe par l'éradication efficace des micro-organismes responsables au cours des procédures de traitement canalaire. Les chances d'un résultat favorable du traitement canalaire sont nettement plus élevées si l'infection est éradiquée efficacement avant l'obturation du système canalaire. Cependant, si les micro-organismes persistent au moment de l'obturation, ou s'ils pénètrent dans le canal après l'obturation, le risque d'échec du traitement est élevé. On dit vraiment : "Les instruments façonnent, les irrigants nettoient". Chaque système canalaire comporte des espaces qui ne peuvent pas être nettoyés mécaniquement. Les bactéries situées dans des zones telles que les isthmes, les ramifications, les deltas, les irrégularités et les tubules dentinaires ne seront pas éliminées par des moyens mécaniques seuls. Il est donc important d'utiliser des désinfectants chimiques tels que les irrigants canalaires et les médicaments antimicrobiens entre les rendez-vous pour éliminer ces bactéries et désinfecter le système canalaire.