Insilico-Homologiemodellierung des Hüllproteins des Papaya-Ringspot-Virus - Kalaria, Rishee;Patel, Jay D.
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In dieser Studie wurde die Hüllproteinsequenz analysiert und modelliert, um die Eigenschaften und die Struktur von Papaya leaf curl virus, Papaya Mosaic virus und Papaya ring spot virus - P & W zu erforschen. Da für die meisten Proteinsequenzen, die in der Protein Data Bank verfügbar sind, keine strukturellen Informationen vorliegen, sind computergestützte Methoden zur Vorhersage von Proteinstrukturen in den letzten Jahren von großem Interesse. Die physikalisch-chemischen Eigenschaften des untersuchten Proteins wurden berechnet. Für alle vier Stämme des Papayavirus wurden der große…mehr

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Produktbeschreibung
In dieser Studie wurde die Hüllproteinsequenz analysiert und modelliert, um die Eigenschaften und die Struktur von Papaya leaf curl virus, Papaya Mosaic virus und Papaya ring spot virus - P & W zu erforschen. Da für die meisten Proteinsequenzen, die in der Protein Data Bank verfügbar sind, keine strukturellen Informationen vorliegen, sind computergestützte Methoden zur Vorhersage von Proteinstrukturen in den letzten Jahren von großem Interesse. Die physikalisch-chemischen Eigenschaften des untersuchten Proteins wurden berechnet. Für alle vier Stämme des Papayavirus wurden der große Durchschnittswert der Hydropathie (GRAVY), der pI-Wert, der Extinktionskoeffizient, der aliphatische Index und der Instabilitätsindex ermittelt. Dies unterstützt die bessere Interaktion des Proteins mit Wasser. Die Homologiemodellierung wurde mit PHYRE2, ModWeband Swiss Model Tool durchgeführt. Das Modell wurde mit dem PROSESS-Softwaretool validiert, was zu einem Ramachandran-Plot für den Papayavirus-Stamm führte. Die Studie kann zum Verständnis der Proteinfunktion, der Anzahl und der Arten von Epitopen, der immunogenen Anteile und der Eignung für die Antikörperproduktion, für taxonomische Studien, Bewertungsstudien und die Virusdiagnostik beitragen.
Autorenporträt
O Dr. RISHEE K. KALARIA concluiu o seu doutoramento em biologia molecular e biotecnologia vegetal na Universidade Agrícola de Navsari em 2014. Atualmente, trabalha como Professor Assistente no Instituto de Biotecnologia Aspee Shakilam, Universidade Agrícola de Navsari. É também responsável pela secção de bioinformática.