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La connaissance des interactions entre protéines est donc indispensable à la compréhension du fonctionnement de la cellule. Ces travaux portent sur l exploitation des informations disponibles dans les bases de données publiques afin d étudier, par des approches bioinformatiques, les relations entre les interactions protéiques et l évolution moléculaire des protéines. Après la présentation d un outil pour l inférence d interactions à partir des relations d homologie, la conservation et la co-évolution des protéines impliquées dans les interactions chez différentes espèces de levures a été étudié. Un travail portant sur le lien qui existe entre la composition modulaire des protéines et les interactions protéiques est ensuite développé. Enfin, une nouvelle stratégie d intégration de données a été appliquée à l analyse des complexes protéiques. L ensemble de ces résultats montrent qu il existe une variété de mécanismes complexes dont l élucidation nécessite à la fois des données de qualité en quantité importante et la mise au point de nouvelles approches in silico permettant l intégration d informations hétérogènes.