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Alguns estudos abordam o impacto da alteração na composição da microbiota intestinal em distúrbios pulmonares crônicos e infecções respiratórias, como fibrose cística, asma e gripe por influenza virus, respectivamente. As bactérias intestinais parecem ter um importante papel na modulação da resposta imune pulmonar e, portanto, na progressão dos distúrbios respiratórios tais como os provocados pela covid-19. Além disso, o SARS-CoV-2 foi encontrado no trato gastrointestinal e nas fezes de alguns pacientes. Diante do exposto, os fatores que contribuem para virulência e evolução da infecção pelo novo coronavírus, assim como o tipo e intensidade de resposta imunológica desencadeada, e ainda o papel da microbiota intestinal nesse processo, são tópicos que precisam ser cada vez mais elucidados. Nesse contexto, considerando a urgência na obtenção de evidências científicas para tomada de decisões no enfrentamento da covid-19, este trabalho avaliou estudos exploratórios in vitro e in vivo, além de revisões sistemáticas e metanálises acerca da microbiota intestinal e seu papel na infecção viral respiratória, com foco especial no novo coronavírus.