El éxito de los tratamientos de las infecciones endodónticas, tanto primarias como secundarias, pasa por la erradicación eficaz de los microorganismos causantes durante los procedimientos de tratamiento del conducto radicular. Las posibilidades de obtener un resultado favorable con el tratamiento del conducto radicular son significativamente mayores si la infección se erradica eficazmente antes de la obturación del sistema de conductos radiculares. Sin embargo, si los microorganismos persisten en el momento de la obturación, o si penetran en el canal después de la obturación, existe un alto riesgo de fracaso del tratamiento. Realmente se dice que "los instrumentos modelan, los irrigantes limpian". Todo sistema de conductos radiculares tiene espacios que no se pueden limpiar mecánicamente. Las bacterias situadas en zonas como los istmos, las ramificaciones, los deltas, las irregularidades y los túbulos dentinarios no se eliminarán sólo con medios mecánicos. Por lo tanto, es importante el uso de desinfectantes químicos como los irrigantes del canal radicular y los medicamentos antimicrobianos entre las citas para la eliminación de estas bacterias y para la desinfección del sistema del canal radicular.