Os tratamentos bem sucedidos de infecções endodônticas primárias e secundárias envolvem a erradicação eficaz dos microrganismos causadores durante os procedimentos de tratamento de canais radiculares. As hipóteses de um resultado favorável com o tratamento de canal radicular são significativamente maiores se a infecção for erradicada eficazmente antes da obturação do sistema de canal radicular. Contudo, se os microrganismos persistirem no momento da obturação, ou se penetrarem no canal após a obturação, há um risco elevado de fracasso do tratamento. Diz-se verdadeiramente: "Os instrumentos formam, os irrigantes limpam". Cada sistema de canais radiculares tem espaços que não podem ser limpos mecanicamente. As bactérias localizadas em áreas tais como istmos, ramificações, deltas, irregularidades, e túbulos dentinários não serão eliminadas apenas por meios mecânicos. A utilização de desinfectantes químicos, tais como irrigantes de canais radiculares e medicamentos antimicrobianos entre marcações para eliminação destas bactérias e para desinfecção do sistema de canais radiculares é, portanto, importante.