O tratamento endodôntico é essencialmente um procedimento de desbridamento para perturbar e remover o ecossistema microbiano que está associado ao processo da doença. A principal causa da falha endodôntica são os microrganismos no espaço do canal radicular após o tratamento ou a recolonização no sistema de canais preenchidos. Para eliminar tais microrganismos, o objectivo principal do tratamento endodôntico é optimizar a desinfecção do canal radicular e prevenir a re-infecção, limpando cuidadosamente o sistema de canais radiculares e tornando-o livre de microbiota e detritos. Os medicamentos intra-anal destroem os microrganismos residuais, toxinas e bactérias residuais que falham na remoção por preparação quimiomecânica. Os medicamentos intra-operatórios previnem ou controlam a dor pós-operatória. Assim, a limpeza e moldagem adequadas do sistema de canais radiculares é de suma importância para um tratamento endodôntico bem sucedido.