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A instrumentação mecânica por si só não eliminará completamente as bactérias de um sistema de canais radiculares (Baker et al. 1975). Com os actuais sistemas de instrumentação de níquel titânio e os tradicionais instrumentos manuais de aço inoxidável, quase metade das paredes dos canais radiculares ficam despreparadas. A complexidade da morfologia dos canais radiculares apresenta um objetivo desafiador para a comunidade endodôntica. Estas complexidades dificultam a capacidade de realizar a desinfecção completa da cavidade da polpa. Microorganismos localizados nas ramificações, deltas, irregularidades e túbulos dentinários podem às vezes não ser afetados pelos procedimentos de desinfecção endodôntica. Isto determina a importância da preparação quimomecânica do canal radicular.