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L'instrumentation mécanique seule ne permet pas d'éliminer complètement les bactéries d'un système canalaire (Baker et al 1975). Avec les systèmes d'instrumentation actuels en nickel-titane et les instruments manuels traditionnels en acier inoxydable, près de la moitié des parois canalaires ne sont pas préparées. La complexité de la morphologie du canal radiculaire représente un objectif difficile pour la communauté endodontique. Ces complexités entravent la capacité à réaliser une désinfection complète de la cavité pulpaire. Les micro-organismes situés dans les ramifications, les deltas, les irrégularités et les tubules dentinaires peuvent parfois ne pas être affectés par les procédures de désinfection endodontique. Cela confirme l'importance de la préparation chimio-mécanique des canaux radiculaires.