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La sola strumentazione meccanica non eliminerà completamente i batteri da un sistema canalare (Baker et al 1975); sia con gli attuali sistemi di strumentazione in nichel titanio che con i tradizionali strumenti manuali in acciaio inossidabile, quasi la metà delle pareti del canale radicolare rimane impreparata. La complessità della morfologia del canale radicolare presenta un obiettivo impegnativo per la comunità endodontica. Queste complessità ostacolano la capacità di ottenere una disinfezione completa della cavità pulpare. I microrganismi situati nelle ramificazioni, nei delta, nelle irregolarità e nei tubuli dentinali possono talvolta non essere influenzati dalle procedure di disinfezione endodontica. Questo accerta l'importanza della preparazione chemomeccanica del canale radicolare.