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A diversidade metabólica das bactérias torna-as um recurso útil para a remediação da poluição no ambiente. As bactérias têm sido utilizadas na limpeza de derrames de petróleo, PCBs e metais pesados, tais como arsénico, mercúrio, cádmio e chumbo. Há exemplos adequados que sugerem que há poucas ou nenhumas substâncias que não possam ser utilizadas, pelo menos em parte, por micróbios para a realização metabólica. A biodegradação é uma alternativa atraente às práticas actuais de eliminação de resíduos, uma vez que é geralmente um processo mais barato, potencialmente muito mais eficiente e não produz poluentes secundários, tais como os associados à incineração e à deposição em aterro. Em alguns casos, pode mesmo ser possível obter produtos finais úteis com benefícios económicos do metabolismo bacteriano de poluentes, por exemplo, etanol para utilização em biocombustíveis.