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La diversità metabolica dei batteri li rende una risorsa utile per il risanamento dell'inquinamento nell'ambiente. I batteri sono stati utilizzati nella bonifica di fuoriuscite di petrolio, PCB e metalli pesanti, come arsenico, mercurio, cadmio e piombo. Ci sono esempi sufficienti per suggerire che ci sono poche o nessuna sostanza che non può essere utilizzata almeno in parte dai microbi per le realizzazioni metaboliche. La biodegradazione è un'alternativa attraente alle pratiche attuali per lo smaltimento dei rifiuti, poiché è generalmente un processo più economico, potenzialmente molto più efficiente e non produce inquinanti secondari, come quelli associati all'incenerimento e alla discarica. In alcuni casi, può anche essere possibile ottenere prodotti finali utili con beneficio economico dal metabolismo batterico degli inquinanti, per esempio, etanolo per l'uso nei biocarburanti.