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La diversité métabolique des bactéries en fait une ressource utile pour la remédiation de la pollution dans l'environnement. Les bactéries ont été utilisées pour le nettoyage des marées noires, des PCB et des métaux lourds, tels que l'arsenic, le mercure, le cadmium et le plomb. Il existe suffisamment d'exemples pour suggérer qu'il y a peu, voire aucune substance qui ne puisse être utilisée, au moins en partie, par des microbes pour des réalisations métaboliques. La biodégradation est une alternative intéressante aux pratiques actuelles d'élimination des déchets, car il s'agit généralement d'un processus moins coûteux, potentiellement beaucoup plus efficace et qui ne produit pas de polluants secondaires, tels que ceux associés à l'incinération et à la mise en décharge. Dans certains cas, il est même possible d'obtenir des produits finis utiles présentant un avantage économique à partir du métabolisme bactérien des polluants, par exemple de l'éthanol utilisé dans les biocarburants.