Die chromosomale Zytologie wurde am häufigsten von Tierzytogenetikern und nicht von Molekularbiologen verwendet. Der Karyotyp jeder einzelnen Spezies wird durch die Anzahl, Größe und Morphologie der Chromosomen charakterisiert und ist für jede Spezies festgelegt und spezifisch. Die Anzahl und Form der chromosomalen Bänderung kann durch verschiedene Präparations- und Färbetechniken bestimmt werden. Die chromosomale Taxonomie kann sowohl bei der Bestimmung der phylogenetischen Beziehungen der Taxa als auch beim Nachweis struktureller Variation kryptischer Spezies sehr nützlich sein. Die Studie umfasst die physische Kartierung von Chromosomen, insbesondere die vergleichende Chromosomenkartierung mit minimaler Variation zwischen den Individuen. Die speziesspezifischen diploiden Chromosomenzahlen (2n) werden hauptsächlich anhand der Mitoseausbreitung und der Position des Zentromers bestimmt und spielen eine wichtige Rolle bei der taxonomischen Charakterisierung von Individuen. Neuere Färbemethoden sind die potentiellen Marker, um das spezifische Muster von Banden entlang der Länge eines Chromosoms zu sondieren, und daher kann es nützlich sein, spezifische Chromosomensegmente in Interphasenkernen direkt sichtbar zu machen.
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