Die meisten der etablierten Kirchen in Kenia haben ihre Wurzeln in der frühen Missionsarbeit, als sich Europäer erstmals für die Region interessierten und eine Gelegenheit sahen, einem großen neuen Volk zu predigen. In Kenia gibt es mehr als 4.000 registrierte Kirchen, die einer unzähligen Vielfalt von Konfessionen angehören. Die Bandbreite reicht von sehr etablierten Kirchen bis hin zu weniger bekannten evangelikalen und Gospel-Kirchen. Die Kirchen in Kenia sind überwiegend christlich, obwohl es in der Bevölkerung viele verschiedene Denominationen und Gemeinden gibt. Insgesamt bezeichnen sich mehr als drei Viertel der Bevölkerung als Christen (entweder protestantisch oder römisch-katholisch). Die römisch-katholische Mission in Ostafrika wurde von der französischen Kongregation des Heiligen Geistes unter den ehemaligen Sklaven auf Reunion ins Leben gerufen. Die Initiative ging von Bischof Maupoint aus, der 1863 mit zwei Priestern, Anthony Homier und Edward Baur, und zwei Brüdern eine ständige Station in Sansibar einrichtete. Auf dem Höhepunkt der Abschaffung des Sklavenhandels begab sich die Kongregation auf das Festland nach Bagamoyo, wo sie eine weitere Station einrichtete, die als Umsiedlungsdorf für die befreiten Sklaven diente.