Die von den meisten Landwirten in Nordwestindien praktizierte In-situ-Verbrennung von Ernterückständen verschlechtert die Boden- und Umweltqualität. Pilze haben das Potenzial zum Abbau von Lignozellulose und können für den In-situ-Abbau von Ernterückständen eingesetzt werden. Die Pilzarten Aspergillus terreus, A. flavus, A. niger und Penicillium janthinellum wurden isoliert und anhand der Aktivität lignocellulolytischer Enzyme auf das Abbaupotenzial von Ernterückständen untersucht. A. flavus und A. terreus bauten nach 10 Tagen Inkubation 30 % der Rückstände ab, und diese Pilze zeigten unter Feldbedingungen keinerlei Auswirkungen auf das Wachstum der Weizenpflanzen. Es wurde festgestellt, dass die Pilzvielfalt mit CA-basierten Bewirtschaftungspraktiken zunimmt, wobei die meisten Sequenzen der Stämme in der Reihenfolge Ascomycota> Basidiomycota> Glomeromycota auftraten. Allerdings waren Alternaria, Cercophora und Epicoccum die am häufigsten vorkommenden Pilzgattungen. Auf Phylum-Ebene reichte die relative Häufigkeit von Ascomycota von 55 bis 74 %, wobei die höchste Dominanz bei CA-basierten Maissystemen (Mais-Weizen-Mungobohnen) und die niedrigste bei konventionellem Reis-Weizen verzeichnet wurde, während auf Klassenebene Sordariomycetes die höchste Häufigkeit aufwiesen, gefolgt von Dothideomycetes und Eurotiomycetes.