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Les systèmes étudiés par les sciences du vivant (agronomie, écologie etc.) sont représentés sous la forme de programmes de simulation numérique. Afin d accéder à des objets de recherche pluridisciplinaires, ces programmes sont assemblés au sein de plateformes logicielles. La thèse traite de questions sémantiques générées par l assemblage de programmes. Au travers de l analyse d exemples (MODCOM, OpenMI, VLE, APES, DSSAT et SEAMLESS-IF), nous montrons que les règles syntaxiques des langages d assemblages limitent l'aptitude à représenter les systèmes complexes. Nous montrons aussi que l efficience des métadonnées et ontologies dépend des aspects implicites ayant prévalu à la représentation des systèmes. Afin d accéder à l implicite, nous proposons de décrire le contenu du programme de façon formelle. Un modèle de description a été établi à partir de la linguistique pragmatique et de travaux en morphosyntaxe. L interrogation partielle en mode direct permet de conférer une structure de description détaillée, basée sur les sept pronoms et adverbes que propose la langue française. Ce travail débouche sur la proposition d un langage déclaratif de description de systèmes complexes.