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Klebsiella pneumoniae productora de carbapenemasas tipo KPC es un patógeno que causa infecciones graves a nivel mundial. Con el tiempo los mecanismos de evolución han llevado al aparecimiento de cepas resistentes, con gran capacidad de diseminación provocando una alta mortalidad. Los objetivos de este estudio fueron determinar las alteraciones moleculares por los cuales K. pneumoniae adquiere la resistencia a la colistina, establecer la secuencia tipo (ST) predominante e investigar el tipo de carbapenemasa (KPC) que produce. Para el análisis se aislaron 17 cepas resistentes a la colistina por MIC, se amplificó por PCR convencional el gen mgrB, y se secuenció. Para la investigación del ST se amplificó el gen PilV y aplicó el análisis MLST y para establecer el tipo de KPC se amplificó y secuenció el gen UNIKPC. Los resultados obtenidos evidenciaron que el 35% de las cepas fueron aisladas de UCI, un único aislado alberga una inactivación del gen mgrB por un elemento de inserción denominado como IS1. Se identificaron 5 ST diferentes: la ST258 (8), ST25 (4), ST39 (3), ST15 (1) y por lo que se observa diversidad clonal, la ST3023 se reportó como una nueva secuencia aislada en el Ecuador.