I cani infettati da babesiosi hanno segni di danni renali acuti e di disfunzioni cardiache. Il danno renale è caratterizzato dalla presenza di cellule tubolari renali, proteinuria ed enzimi variabili e azotassiemia. Le cause del danno renale sono attribuite ad una combinazione di ridotta velocità di filtrazione glomerulare, ipossia anemica e met-emoglobina. L'emodinamica renale è anche più probabile che sia anormale quando è presente una disfunzione cardiaca, che nella babesiosi sembra essere associata all'infarto del miocardio. La disfunzione cardiaca può essere dimostrata da troponine cardiache sieriche elevate, istopatologia cardiaca e cambiamenti ECG.