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Dans ce travail, l'étude de la qualité du cours principal de la Medjerda et trois de ses affluents, dans le tronçon situé au niveau des villes de Jendouba et de Bousalem, s'est intéressée à 7 stations dont 4 sont sur le cours principal et 3 sont sur les affluents affectés d'une pollution agricole et industrielle (Oueds Boujaarin, Bouhertma et Kasseb).L'étude écologique débute par une analyse des paramètres physico chimiques et bactériologiques permettant de révéler une dégradation de la qualité des eaux des affluents notamment l'Oued Kasseb sous l'effet des rejets de la laiterie « Laino ». Les apports d'eau de ces affluents ont nettement influencé la qualité des eaux du cours principal de l'oued Medjerda (augmentation de la charge en chlorures, nitrates, en matière organique, en coliformes, élévation de la DBO). Les données quantitatives et qualitatives des associations méiofaunistiques ont montré que ces animaux répondent à la dégradation de la qualité des eaux de l'écosystème par une chute de leur densité, diversité et équitabilité. Les Nématodes semblent être montrés le groupe le plus résistant alors que les Copépodes, les Ostracodes et les Cladocères sont les plus sensibles.