En opérant un contrôle de la régularité et de l'efficacité tout en évaluant sa performance, l'audit fiscal poursuit un double objectif : un objectif fiscal tout d'abord en renseignant le prescripteur sur la situation fiscale de l'entreprise auditée ; un objectif extra fiscal ensuite en remplaçant cet examen dans le contexte plus général de la gestion de l'entreprise. Dans les deux cas, l'audit fiscal se présente comme une aide à la décision de gestion, soit en fournissant des informations sur l'existence et sur l'ampleur d'un risque, soit en portant un jugement sur l'opportunité de décisions fiscales passées ou envisagées. L'audit fiscal constitue de cette façon le moyen d'accès privilégié au diagnostic fiscal de l'entreprise. Ceux-ci varient essentiellement autour de trois axes qui dépendent des attentes des centres d'intérêts, à savoir le contrôle, la finalité du contrôle et l'information objet du contrôle. Ces différents éléments permettent de distinguer la mission d'audit fiscal de missions voisines comme l'audit comptable ou l'audit juridique, même si l'audit fiscal appelle des compétences dans ces différents domaines.