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Hoy en día la Teoría de la Evolución se coloca como uno de los más grandes logros cognitivos de la humanidad. No es menor afirmar que ha modificado la forma en la cual nos concebimos como humanidad. Sin embargo, conocer las relaciones evolutivas entre las diversas especies ha resultado un reto que ha terminado por involucrar a filósofos, informáticos, lógicos y matemáticos. Desafortunadamente, esta tendencia ha generado que la mayor parte de la discusión actual en torno a cómo es que podemos conocer la estructura del árbol de la vida se centre en aspectos técnicos relacionados con los algoritmos que usualmente se emplean en este proceso de reconstrucción filogenética. En este trabajo mi objetivo es alejarme de esta tendencia y examinar si no estaremos más bien ante una crisis que señala los límites de la cognición humana. Mediante una teoría de la racionalidad, que le debe mucho a la obra de Thomas Kuhn y de Helen Longino, argumento que la capacidad de discriminación de los algoritmos está condicionada por elementos contextuales que inevitablemente sesgan los criterios que empleamos para reconstruir la arquitectura del árbol de la vida.