La responsabilidad de proteger se enfrenta a varios retos, como la inadecuada cooperación entre las Naciones Unidas y las organizaciones regionales, la falta de atención al "poder duro", la resistencia a las medidas preventivas, la inadecuación del Estado de derecho y de los mecanismos de rendición de cuentas, la tendencia recurrente a centrarse en las respuestas a los conflictos y a los crímenes atroces en lugar de en la prevención, la falta de voluntad política y de liderazgo necesarios para movilizar las medidas de prevención de atrocidades, el acceso limitado a las medidas de prevención y la asignación de recursos a las mismas como parte de una estrategia de prevención de atrocidades a largo plazo, etc. La aprobación de la responsabilidad de proteger supone un avance significativo para la comunidad internacional desde la aparición del debate sobre la intervención humanitaria. En efecto, el desarrollo de las medidas coercitivas y no coercitivas que puede utilizar la comunidad internacional, y los principios de precaución que las acompañan en los casos en que un Estado no ha cumplido con la responsabilidad de proteger a sus propios ciudadanos, convierte el principio de soberanía en un principio condicional, sin dejar de lado las preocupaciones de los Estados que antes apoyaban el derecho a la no injerencia.