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Le blé représente la culture céréalière la plus importante dans le monde aussi bien sur le plan économique que sociale. Elle est confrontée à des problèmes d'ordre abiotique que biotique. A ce titre, les maladies fongiques dont la septoriose (STB) la principale maladie foliaire causée par le champignon hémibiotrophe Zymoseptoria tritici (anciennement Septoria tritici; téléomorphe: Mycosphaerella graminicola). A ce jour, ce pathogène est le plus dévastateur avec des pertes de rendement dépassant les 50% suite au changement climatique et à l'émergence de nouveaux pathotypes plus adaptés aux fluctuations environnementales et aux fongicides. Ainsi, l'étude de son mode de reproduction aussi bien végétatif que sexué et sa diversité génétique au cours du cycle végétatif de la plante sont d'une importance primordiale pour établir une stratégie de lutte efficace contre la maladie. A cet effet, un intérêt particulier a été attribué à l'étude de l'évolution épidémiologique et génétique, tout comme la structure et l'évolution des populations de ce pathogène.