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El contexto físico de la sub-cuenca media del río Ayuquila tiene una gran variedad estructural, litológica, edafológica y de gradientes altitudinales -que dan como resultado distintos tipos de climas, vegetación y fauna- que explica el régimen hidrológico que rige en la cuenca. El área de estudio abarca diez municipios: Autlán de Navarro, Ejutla, El Grullo, El Limón, San Gabriel, Tolimán, Tonaya, Tuxcacuesco, Unión de Tula y Zapotitlán de Vadillo, los cuales constituyen la Junta Intermunicipal de Medio Ambiente para la Gestión Integral de la Cuenca Baja del Río Ayuquila (JIRA), Organismo Público Descentralizado. El presente trabajo ha tenido como objetivo realizar el análisis territorial el contexto físico de esta sub-cuenca con la finalidad de ayudar a comprender la acción comunitaria que agrupó a los municipios con la finalidad de rescatar este río del elevado nivel de contaminación que tenía.